A AEO, enquanto associação científica sem fins lucrativos, tem órgãos sociais próprios, sendo a atual composição:

Assembleia Geral

• Presidente – Dra. Branca Cavaco
• 1º Secretário – Cristina Mendes Almeida
• 2º Secretário – Dra. Sara Donato

Direção

• Presidente – Dr. Valeriano Leite
• Secretário – Dra. Margarida Silva Vieira
• Tesoureiro – Dr. Tiago Silva

Conselho Fiscal

• Presidente – Dra. Daniela Cavaco
• 1º Vogal – Dra. Susana Prazeres
• 2º Vogal – Dra. Helena Vilar